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Chargé de recherche/ post-doctorant en épidémiologie et santé des élevages

ENVT · Toulouse (31) · Sur site · 3 135 – 4 543 € par mois

Publiée le 16 octobre 2026

• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Catégorie : Catégorie A (cadre)
• Nature de l’emploi : Emploi ouvert uniquement aux contractuels
• Expérience souhaitée : Non renseigné
• Management : Non renseigné

Vos missions en quelques mots

La personne recrutée aura pour mission de :

• mettre en œuvre et optimiser une stratégie d’échantillonnage, intégrant

notamment des prélèvements environnementaux, adaptée à la détection

précoce des agents pathogènes en pisciculture, et plus particulièrement

des virus ;

• analyser les données métagénomiques ;
• comparer les méthodes de préparation des acides nucléiques et de

séquençage dans le cadre de la détection métagénomique à haut débit ;

• participer à la définition d’une surveillance sensible, robuste et opérationnelle applicable aux élevages piscicoles.
• valoriser les résultats obtenus, notamment par la participation à la rédaction de publications scientifiques, la préparation de communications et la contribution aux rapports de recherche.

Missions à exercer :

Participer au projet PRISM-E2 au sein de l’UMR 1225 en lien avec les cadres

scientifiques de l’équipe VIRAL :

• Participer à l’organisation et à la réalisation des campagnes d’échantillonnage

sur les sites piscicoles ;

• Comparer les performances de détection d’agents pathogènes modèles en

fonction du type de matrice, de la date de prélèvement, de la stratégie

d’extraction et d’enrichissement des acides nucléiques des agents pathogènes

et des techniques de séquençage haut-débit ;

• Mettre en relation les résultats moléculaires obtenus avec les données

zoosanitaires et zootechniques des élevages ;

• Participer à l’harmonisation des protocoles de prélèvement, d’analyse et

d’interprétation en collaboration avec les partenaires PRISM-E2 ;

• Participer à la valorisation des résultats (publications scientifiques,

communication et contribution aux rapport de recherche) ;

• Participer à la démarche qualité de l’équipe.

Profil recherché

• Connaissances en virologie générale
• Connaissances en virologie moléculaire et en biologie moléculaire
• Connaissances en bio-informatique
• Connaissance des méthodes de séquençage à haut débit
• Connaissance de la méthodologie scientifique
• Connaissance des filières piscicoles et des principaux agents pathogènes associés
• Maîtrise des outils de virologie moléculaire et biologie moléculaire
• Maîtrise ou expérience des approches de séquençage haut-débit
• Aptitude au développement d’outils moléculaires
• Capacité à analyser et interpréter les données scientifiques
• Capacité à travailler en interdisciplinarité
• Anglais scientifique écrit et oral
• Aptitude au travail en équipe
• Autonomie et capacité d’organisation
• Rigueur scientifique

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

Éléments de candidature

Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Conditions particulières d’exercice

Poste en CDD de 6 mois, renouvelable

• Travail en prolongé sur écran
• Travail en laboratoire de virologie et de biologie moléculaire
• Travail de terrain

Statut du poste

Susceptible d'être vacant à partir du 01/11/2026

Métier de référence

Experte / Expert en biologie - SVT

Compétences

• sciences du vivant
• virologie
• anglais
• littérature scientifique
• biologie moléculaire
• biologie
• épidémiologie
• Travail en équipe

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